明清时期是中国封建社会的后期。统治阶级提倡孔孟正统的程朱理学，同时利用佛、道两教的思想，在一部分士大夫和知识分于中有的弃士为医，有的转儒从医，又有很多医家非常重视实践，勇于创新，先后出现了很多著名养生学家，进一步丰富和完善了中医养生学的内容，并使养生学得到更大范围的发展。在这一时期，中医养生保健专着的撰辑和出版是养生学史的鼎盛时期。从明代到新中国建立前夕的580多年中所出版和刊行的养生类著作比明清以前2200多年间所发行的总量还要多，其发展之迅速和传播之广泛，在历史上是空前的。另外，从十四世纪末至十九世纪上半叶期间，由于中外交通的发展，中外医学交流活动亦日益频繁，有养生专著被译成外文出版发行，西方医药学传到中国的也空前增多，这对世界医学和我国的医学和养生学的发展，都有一定促进作用。
至明代，随着命门学说的发展，产生了以赵献可、张景岳为代表的温补派，他们反对滥用寒凉药物主张用温补药物峻补命门。如赵献可认为命门真火乃人身之宝，并说：“吾有一譬焉，譬之元霄鳌山之走马灯，拜者、舞者、飞者、走者，无一不具，其中间惟是一火耳。火旺则动速，火微则动缓，火熄则寂然不动，而拜者、舞者、飞者、走者，躯壳未尝不存也”（《医贯·内经十二官论》）。此主张养生及治病，均以保养真火为要。
张景岳提出“阳强则寿，阳衰则夭”（《景岳全书·传忠录》）的论点，指出：“欲知所以生死者，须察乎阳，亲阳者，察其衰与不衰；欲知所以存亡者，须察乎阴，察阴者，察其坏与不坏，此保生之本法也”。其重视命门，在理论上较赵献可全面。张氏认为阳气阴精之根本皆在命门，“命门主乎两肾，而两肾皆属于命门。故命门者为水火之府，为阴阳之宅，为精气之海，为死生之窦，若命门亏损，则五脏六府皆失所恃，而阴阳病变无所不至”，“即如阴胜于下者，原非阴盛，以命门之火衰也；阳胜于标者，原非阳盛，以命门水亏也。水亏其源，则阴虚之病叠出；火衰其本，则阳虚之证迭生”（《类经附翼·求证录》），故他特别注重用甘温固本法预防疾病。这对当时那种滥用寒凉，败胃伤阳，致成时弊的情况下，是有重要意义的。与此同时，张景岳还辨证地阐述了形与神，形与生命的关系，明确提出养生之要在于治形宝精的主张。张氏所论之形，实指精血而言。他认为形赖精血为养，养精血即所以养形。明确提出：“善养生者，必宝其精”（《类经·摄生类》），指出了节欲保精的重要性。另外，张氏又鲜明地提出了“中年修理”以求振兴的卓越见解。中年时期是人体由盛而衰的转折时期，这种强调中年调养，求复振兴的思想，对于防止早衰，预防老年病，具有积极的意义。
明清时期的养生家对于养生理论的认识，都有了进一步的深化。尽管在精气神的保养上各有侧重，但都强调全面综合调理，尤其重视调理方法的研究和阐述。
（一）调养五脏法
李中梓在总结前人经验的基础上编著《寿世青编》一书，在调神、饮食、保精等方面提出了养心说、养肝说、养脾说、养肺说、养肾说、为五脏调养的完善做出了一定贡献。高濂的《遵生八笺》从气功角度提出了养心坐功法、养肝坐功法、养脾坐功祛、养肺坐功法、养肾坐功法，又对心神调养、四时调摄、起居安乐、饮馔服食及药物保健等方面做了详细论述，极大丰富了调养五脏学说。明末医家汪绮石著《理虚元鉴》，对虚劳病机的阐发、论治的大法，预防的措施都自成体系，主张肺脾肾三脏俱重。他说：“治虚有三本，肺、脾、肾是也。肺为五脏之天，脾为百骸之母，肾为性命之根，治肺治脾治肾，治虚之道毕矣”。尤其是对虚劳的项防，提出了六节、七防、四护、三候、二守、三禁的原则，对抗老保健有很大意义。
（二）药饵、饮食保健法
明代开始，药饵学说的发展进入了鼎盛时期，万密斋、龚廷贤、李时珍、李梃等医家，继承了前人的成就，在理论上和方药的运用原则和方法上，都有阐发和提高，对医饵养生形成比较完整的体系做出了贡献。万密斋的《养生四要》指出：“无阳则阴无以长，无阴则阳无以化，阴阳互用，如五色成文而不乱，五味相济而得和也。凡养生却邪之剂，必热无偏热，寒无偏寒；温无聚温，温多成热，凉无聚凉，凉多成寒。阴则奇之，阳则偶之，得其中和，此制方之大旨也”。这个中和平衡既济的制方原则，对老年的药饵养生有直接指导意义。万氏认为这种保健方法，要从中年开始，未老先防，保健重点在于调补脾肾。同时，还提出了老年用药禁忌。
龚廷贤在《寿世保元》中主张老年保健用药应“温而不热，清而下寒，久服则坎离既济，阴阳协合，火不炎而神自清，水不滋而精自固，平补之圣药也”。又对老年的药饵摄生强调了两个原则：一是调补脾胃；二是提倡与血肉有情之品，补益气血，填精朴髓，以健身抗老，延年益寿。他首推鹿茸、鹿角，配合人参、地黄、枸杞、二冬、黄柏等制方。
《本草纲目》对于药饵和食养的论述也极为丰富。提供了有关饮食药物养生的丰富资料，书中还收集了很多食疗方法。李时珍推崇东垣脾胃之说，主张老年人应培补元气，调理脾胃，升发清阳，多用温补之剂，以延年益寿。
李梃认为药饵保健，用药宜平和、中和、温和，补虚在于扶培、缓补、调补，反对温热峻补和滥施汗、吐、下等法。李氏又在《医学入门》中指出了药饵养生中食补、峻补、唯补的偏弊，强调了“量体选药”的重要原则。
曹庭栋针对老人脾胃虚弱的特点，重视以粥养胃益寿，在《老老恒言》中编制药粥配方百余首，以“备老年之颐养”，可谓集食养保健粥之大成。
（三）综合调理法
明清时期的养生保健专书很多，多是强调综合调理，且要简要易行。冷谦撰著的《修龄要旨》是一部内容丰富的气功与养生保健专书，详细论述了四时起居调摄、四季却病、延年长生、八段锦导引法、导引却病法等，书中多以歌诀形式介绍养生要点及具体方法，易于领会实行。万密斋的《养生四要》，提出了“寡欲、慎动、法时、却病”诸养生原则，对于违反这些原则而产生的疾病，皆列有药物救治方法。清代吴师机撰《理瀹骈文》，这是一部物理治疗专书。吴氏提倡膏、药外贴等理疗法，如引嚏、坐药、药浴等。他认为外治之理同内治之理，可以收到与内服汤丸相同的效果。还认为养生保健不能单纯依赖药饵，如果注意调节生活起居，陶冶性情，对健康则更有益处。吴氏在外治保健方面为养生开辟了一条新的门径。
虽然在先秦时期就已初步提出了动静结合的养生方法，但动静结合的养生理论和方法，则在明清时期才进一步明确提出来。李梃在《医学入门》中指出：“精神极欲静，气血极欲动”。提出静养精神，动养形体的辨证关系。方开《摩腹运气图考》（又名《延年九转法》）指出：“天地本乎阴阳，阴阳主乎动静，人身一阴阳也，阴阳一动静也。动静合宜，气血和畅，百病不生，乃得尽其天年”。人身之阴需要静，人身之阳需要动，从而提出了静以养阴，动以养阳的主张。人体要保持“阴平阳秘”的健康状态，就必须动静适宜，切忌过动过静，否则就会造成阴阳偏颇，导致疾病。
清代养生家曹庭栋虽认为“养静为摄生首务”，但他却很重视动以养生的重要作用。如在《老老恒言·导引》指出：“导引一法甚多，如八段锦、华佗五禽戏、婆罗门十二法、天竺按摩诀之类，不过宣畅气血，展舒筋骸，有益无损”，并创“卧功、坐功、立功三项”，以供老年锻练之用。又如《老老恒言》载有散步专论，对散步的作用和要求等作了较为全面的论述。例如，闲暇“散步所以养神”、睡前“绕室行千步，始就枕”，“是以动求静”，有助于睡眠，强调了动静结合的重要性。
历代养生家都十分重视运动养生，导引、气功、按摩共同成为动形养生的三大支柱。对于导引之木，历史悠久，源远流长。马王堆的汉墓出土的《导引图》，就绘有40余种导引姿态的图象，内容十分丰富。以后历代都有不同的发展，到了宋代，在动作和方法上有了很大改进，如太极拳、八段锦等。明代以后，由于武术的发展和《道藏》的成书，又推动了导引术的进步和发展，在《遵生八笺》载有八种导引，除在国内广为流传外，并于1895年译成英文发行于国外。如明代正德年间罗洪先所撰《仙传四十九方》，载录华佗“五禽图”最为详尽，并指出：“凡人身体不安，作此禽兽之戏，汗出，疾即愈矣”，说明了导引保健的重要作用。清·乾隆时代，沈金鳌于《杂病源流犀烛》一书中，卷首列有“运动规法”，包括导引、气功和按摩等，这些方法多摘自明代曹士珩所撰《保生秘要》一书。可见，导引保件具有很高的实用价值。
在明清时期，经过很多养生家、医家及众人的辛勤工作，提炼更新，使导引养生更加系统、科学，导引的形式更加丰富。例如，静功和动功与武术的结合，又促进了太极拳的发展，使其以独特的风格流传于国内外，深受人们喜爱，在养生保健中发挥了积极的作用。清·鸦片战争之后，卫国保家和练功健身的思想兴起，专论气功、导引、武术之著作也随之增多，其中比较突出的如敬慎山房主彩绘二十四幅《导引图》，将气功、导引、按摩熔为一炉，用于养心练精、补虚、防治疾病和强身益寿，有较高的实用价值。由于导引、气功、拳术熔为一体，使其有理、有法、有方，自成体系，便于练习，的确起到了“内炼精气神，外练筋骨皮”的保健延年之效。在此时期，由于武术流派的空前发展，不论道、佛寺院，还是山寨水乡，都有练功习武的时尚，使武术健身得到了很大范围的普及，发挥了良好的健身御敌的作用。这种独特的健身防身术至今仍受广大群众的喜爱。
自从唐代孙思邈提出“养老大例”之后，研究养生保健的对象郁非常重视老年人，尤其是在明清时期更为普及。
颐养对象重视老人还表现在：明清的养生专著大都联系到老年人的养生和长寿问题。而且还有不少养老专著，如《安老怀幼书》、《老老恒言》等，曹庭栋根据自己的长寿经验，参阅了三百多家的养生著作，针对老人的特点，进行了全面的论述，具体而实用，继承和发扬了中医养生学，为中医老年医学做出了重要贡献。龚廷贤《寿世保元》和龚居中的《万寿丹书》，亦有发挥之处。”
此外，明清时期的养生专著还有袁黄的《摄生三要》、胡文焕的《寿养从书》、河滨丈人《摄生要义》、息斋居士《摄生要语》、陈继儒《食色绅言》及《男女绅言》、冯曦《颐养诠要》、汪*《寿人经》、汪潘磨《内功图说》、尤乘《寿世青编》、黄克楣《寿身小补》等，均对养生保健做出了一定贡献。
明、清初期，中医养生专著大量发行出版，促进了养生学的深入和普及，在养生理论上丰富了明以前的养生学内容，提出了温补肾阳、治形宝精、调养五胜、动静结合等养生法则。同时，全面的发展了养生方法，使其具体实用。提倡导引保健、武术健身，使老年养生保健又得到深入发展。总之，在这一时期，使中医养生学发展成为既有理论，又有实践的较为正统的、科学的、完整的专门学说。